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Brennendste Frage zum Start der 6. Staffel: Wie geht es weiter, nachdem Direktor Vance (Rocky Carroll) das alte NCIS-Team zerschlagen hat? Agent Gibbs (Mark Harmon) ermittelt zunächst mit drei neuen Kollegen (u. a. Jonathan LaPaglia) in dem Mord an Officer Vargo. Kostete es ihm das Leben, dass er auf hochbrisantes Datenmaterial gestoßen war? Gibbs findet heraus, dass es sich bei den Daten um gehei

Die Frau des Marineleutnants Evans liegt tot in ihrem Haus. Verdächtig ist zunächst ihr verschwundener Mann. Doch bald taucht an Bord eines Flugzeugträgers auch seine Leiche auf. Die „NCIS“-Agenten (Michael Weatherly, Mark Harmon, Cote de Pablo) schiffen sich auf der „USS Seahawk“ ein.

Das wiedervereinte Team untersucht den Tod einer Soldatin. Für Agent Gibbs (Mark Harmon) bekommt der Fall unerwartet eine brisante Wendung: Ein alter Freund aus Navy-Tagen, der Senator Patrick Kiley (Tim DeKay), hatte eine Affäre mit dem Opfer.